В докладе были рассмотрены основные проблемы ограничений прав граждан и их обоснованность, также предложено амнистировать нарушителей коронавирусных ограничений, если нарушения не повлекли негативных последствий. По словам главы СПЧ Валерия Фадеева, «если целью введения штрафов было снижение случаев нарушения самоизоляции, то их отмена уже никак на эту цель не повлияет». По мнению членов Совета, административная амнистия и освобождения от вынесенных штрафов соответствует Конституции и допускается федеральным законодателям. С юридической точки зрения отмена штрафов осуществляется изданием Государственной думой акта об административной амнистии.

Отдельно в своем докладе СПЧ коснулся вопроса захоронения погибших от коронавируса в закрытых гробах по требованию Роспотребнадзора, что вызвало дополнительное потрясение для близких родственников погибших. Члены СПЧ считают, что для достойных проводов умершего человека в другой мир людям важно совершить ритуал прощания с ним, которое «подразумевает возможность видеть открытые части тела человека, запомнить его лицо, обратиться к нему с последними добрыми словами. Этот ритуал коррелирует с неотъемлемым правом человека на достойное обращение с его телом после смерти». В СПЧ потребовали в итоге от Роспотребнадзора опубликовать официальные разъяснения касательно рисков  заражения  коронавирусом на похоронах человека, умершего от него, а также озвучить обоснованные на научных исследованиях рекомендации по организации прощальных мероприятий.

Из серьезных просчетов в действиях чиновников на фоне борьбы с пандемией в СПЧ отметили расширительное толкование органами власти и полицией законодательства о массовых мероприятиях. Так, в Москве на фоне запрета массовых мероприятий задерживали и привлекали к ответственности также и участников одиночных пикетов. Как отмечено в докладе, «сотрудники полиции, трактуя данные пикеты как массовые мероприятия, проведение которых запрещено в период режима повышенной готовности, проводили задержания граждан с доставлением в отделы полиции». При этом члены СПЧ указали на очевидный правовой абсурд происходящего, поскольку «нахождение граждан в заполненных автозаках в течение нескольких часов создало более высокие риски заражения Covid-19, чем их стояние в одиночных пикетах на открытом воздухе».

СПЧ попросил Минюст России и судебные органы прояснить особенности правового статуса «массовых одиночных пикетов», а также статуса граждан, находящихся в «очереди на одиночный пикет». В Совете отметили, что при таком расширительном толковании законодательства существенно возрастают риски нарушения конституционных прав граждан. В данном случае ограничение конституционных прав граждан осуществлялось нормативными актами регионов РФ, чем была прямо нарушена  ч.3 ст. 55 Конституции РФ, согласно которой основные права граждан могут быть ограничены только федеральным законом.

Эпидемия также показала, что региональные решения и ограничительные мероприятия создали серьезные дополнительные трудности для старшего поколения и иных отдельных групп населения, вызванные необходимостью активного взаимодействия с интернет-ресурсами, которыми они пользоваться не были обучены. В Совете по правам человека выделили следующие недостатки при введении цифрового контроля в стране:

-  недостаточный уровень защиты персональных данных (незащищенность каналов связи, использование иностранных серверов для хранения персональных данных и др.);

- нестабильность работы мобильных приложений, повлекшая значительное количество ошибочно выписанных штрафов;

- несоответствие ряда технологий законодательству об охране персональных данных (в части осознанного, добровольного, информированного согласия на обработку персональных данных, а также невозможности его отзыва);

- несоразмерность ограничительных мер в сравнении с иными случаями ограничения свободы передвижения (например, при домашнем аресте прогулки вблизи дома разрешаются, а при режиме самоизоляции — нет);

- возможность дальнейшего использования цифровых профилей граждан по окончании пандемии.

Члены СПЧ в итоговых выводах доклада призвали российские инициировать серьезную общественную дискуссию о допустимости вмешательства государства в частную жизнь граждан посредством формирования и использования их цифровых профилей. Отсутствие профиля не может стать причиной дискриминации граждан при предоставлении государственных услуг, банковских продуктов и при приеме на работу.  В СПЧ подчеркнули, что «этические принципы и этический аудит должны предшествовать любому внедрению подобных систем и алгоритмов».