В каждом региональном управлении СКР появится судебно-экспертные центры, а также ведомственные криминалистические подразделения. При этом было заявлено, что, несмотря на якобы «формальное» включение в структуру СКР, Судебно-экспертный центр останется независимым федеральным казенным учреждением. Указ был принят во исполнение поправок 2019 года в ФЗ  «О государственной судебно-экспертной деятельности в РФ» и «О Следственном комитете РФ», в которых была заявлена новая организационная структура в системе СКР в виде судебно-экспертного учреждения. СКР передали функции организации и производства судебных экспертиз в рамках УПК, в частности, таких как молекулярно-генетическая, компьютерно-техническая, видеотехническая, информационно-аналитическая, фоноскопическая, лингвистическая, психофизиологическая (с использованием полиграфа) и др. Ознакомиться с указом Президента РФ, с расшифровкой, как именно будут взаимодействовать СКР и судебно-экспертные центры при проведении экспертиз и организации их работы, можно на портале правовой информации. 

Именно решения новых центров способны повлиять на итоговые результаты при судебном разрешении сложных уголовных дел, требующих особых познаний и умений. Многие правозащитники и эксперты заявили о недопустимости совмещения функций гособвинения и тех, кто применяет специальные познания и проводит экспертизу по уголовным делам, подтверждая или же опровергая доводы обвинения.