Ранее монастырем управлял схимонах Сергий, которого в 2020 году церковный суд лишил сана, но он все равно продолжал общественную и религиозной деятельность. Сергий стал известен широкой общественности благодаря громким призывам не соблюдать санитарные ограничения — он открыто заявлял, что COVID-19 — это «псевдопандемия», что россиян «беззаконно сажают на самоизоляцию» и лишают «свободы и работы». На данный момент Сергия задержали в Москве. Ему, среди прочего, инкриминируют нарушении права на свободу совести и вероисповедания и самоуправстве.
14 апреля 2021 утром в СМИ появились сообщения о прибытии сотрудников ОМОНа в монастырь, которые начали болгарками срезать замки во всех зданиях монастыря, включая храмы. Уже потом поступили объяснения из службы приставов о том, что их действия основаны на решении Верхнепышминского городского суда о немедленном исполнении в связи с тем, что пребывание людей на территории монастыря «создает угрозу жизни и здоровью граждан». Монахиням предложили временно переехать на территории базы отдыха «Остров сокровищ», но никто из жительниц не принял предложение официальных властей.
В Екатеринбургской епархии пообещали оперативно исправить все выявленные нарушения в Среднеуральском женском монастыре. Как заявили представители епархии: «Мы приложим все усилия, чтобы как можно скорее привести жизнь монастыря в соответствие с требованиями безопасности и законного порядка. Насельницам Среднеуральского женского монастыря, которым будет необходима гуманитарная или иная помощь, таковая будет оказана епархией».
